Das intraembryonale Zölom erscheint zuerst im Seitenplattenmesoderm in Form mehrerer isolierter Vakuolen. Während der lateralen Abfaltung des Embryos in der 4. Woche fusionieren diese Vakuolen und bilden eine hufeisenförmige Höhle: Das intraembryonale Zölom. Zu Beginn besteht eine Verbindung zwischen intra - und extraembryonalem Zölom.
Mit voranschreitender Abfaltung jedoch führt die Verschmelzung der Ektoblastblätter auf der medialen Linie dazu, dass das intraembryonale vom extraembryonalen Zölom abgegrenzt wird und im lateralen Mesoblasten eingeschlossen bleibt.