Die Polarität des Embryos äussert sich in der Ausbildung eines embryonalen und eine abembryonalen Poles. Ganz offensichtlich wird dies bei der Betrachtung einer Blastozyste, wo sich eine innere Zell-Masse (ICM) ausbildet. Diese konzentriert sich an einem Pol innen an der Hohlkugel, die aus Blastomeren gebildet wird. (Aus den Blastomeren der inneren Zellmasse entsteht später der eigentliche Embryo, aus den Blastomeren der Hohlkugel die extraembryonalen Strukturen wie Eihäute und Teile der Plazenta).

Diese Polarität wird schon in der unbefruchteten Oozyte angelegt. Massgeblich daran beteiligt ist ihr Zytoskelett. Da das Zytoskelett am Oolemma verankert ist, kann man unter günstigen Beobachtungsbedingungen an der unbefruchteten Eizelle eine eher glatte von einer eher rauen Oberfläche unterscheiden. Diese beiden unterschiedlich gehaltenen Oberflächen widerspiegeln die Polarität des zukünftigen Embryos.

Die Teilung der Zygote zum Zweizellstadium geschieht nun genau so, dass sich die eine entstehende Zelle zum einen Pol und die andere Zelle zum anderen Pol orientiert. Die Teilung geschieht dabei immer so, dass die Polkörper in der Teilungsfurche zu liegen kommen. Das ist nicht weiter verwunderlich, hängen doch Zytoskelett und die Teilungsspindel zur Ausstossung der Polkörper zusammen. Die Teilungspindel kann man dabei auch als Teil des Zytoskeletts bezeichnen.

Diese einmal angelegte Polarität, die sich in den beiden Zellen widerspiegelt, bleibt bestehen, so dass man sie auch im Morula-Stadium wieder finden kann. Eine durch die Polkörper gelegte, gedachte Äquatorialebene, trennt auch hier den embryonalen vom abembryonalen Pol.