Das Mesenchym stammt aus einer zentralen Ansammlung von paraxialem Mesoderm, welches von den vier unsegmentierten okzipitalen Somitomeren stammt. Es sind dies die obersten Somiten, die sich post-otisch bilden. Später gelangt auch Material der Neuralleiste und der Epipharynxscheibe in die Pharyngealbögen. Daraus bilden sich Skelettanteile sowie die Muskulatur des Pharynx und des Gesichts. Die Innervation weist noch auf den okzipitalen Ursprung des Mesenchyms hin, indem die jeweiligen Pharyngealbögen durch Nerven der obersten 4 okzipitalen (post-otischen) Myotome d.h. von Hirnnerven innerviert werden. Die Nerven sind im Unterschied zu der Extremitäteninnervation schon vor der Muskelbildung vorhanden.