La polarité de l'embryon se manifeste par la formation d'un pôle embryonnaire et un pôle abembryonnaire. Cette polarité devient tout à fait évidente si l'on observe un blastocyste lors de la formation de la masse cellulaire interne (ICM). Celle-ci s'amasse à un pôle, sur la face interne de la sphère creuse qui est formée par des blastomères. (L'embryon à proprement parler se formera plus tard à partir des blastomères de la masse cellulaire interne; les structures extraembryonnaires telles que les enveloppes et une partie du placenta se constitueront à partir des blastomères de la sphère creuse.)

Cette polarité a déjà été instaurée chez l'ovule non-fécondé. C'est le cytosquelette qui joue un rôle déterminant dans ce mécanisme. Dans des conditions d'observation favorables, on peut différencier chez l'ovule non-fécondé une surface plutôt lisse d'une surface plutôt rugueuse puisque le cytosquelette est ancré à la membrane de l'ovule. Ces deux surfaces différentes reflètent la polarité du futur embryon.

La division du zygote qui mène au stade bicellulaire a désormais lieu de manière à ce que chaque cellule s'oriente vers son pôle respectif. De plus, les globules polaires aboutissent toujours dans le sillon de division. Il n'est donc pas étonnant que le cytosquelette et l'appareil microtubulaire de division contribuent ensemble à l'expulsion des globules polaire. Par ailleurs, on peut considérer l'appareil microtubulaire de division comme une partie du cytosquelette.

Cette polarité est déterminée une fois pour toutes et elle s'exprime dans les deux cellules. Elle est conservée par la suite et on la retrouve donc au stade morula. Un plan équatorial imaginaire défini par les globules polaires sépare ici aussi le pôle embryonnaire du pôle abembryonnaire.