Die äussersten Zellen der nach wie vor in der Zona pellucida eingeschlossenen Morula beginnen am 4. Tag nach der Insemination sich zusammen zu schliessen (sog. Kompaktierung). Es entsteht ein epithelialer, nach aussen dichter Zellverband, dessen Zellen abflachen und kleiner werden. Die Zellen verbinden sich untereinander mittels Schlussleistenkomplexen, tight junctions und gap junctions. Im Inneren der Blastozyste formiert sich eine Höhle, in die Flüssigkeit einströmt (sog. Blastozystenhöhle). Die zwei bis vier innersten Zellen der früheren Morula entwickeln sich zur sog. Inneren Zellmasse der Blastozyste. Alleine aus dieser inneren Zellmasse (Embryoblast) heraus wird sich der eigentliche Embryo entwickeln. Die Zellen dieses Embryoblasten konzentrieren sich an einem Pol, dem embryonalen Pol der Blastozyste. Entstanden ist also eine äussere Zellmasse (Trophoblast), die aus sehr vielen Zellen besteht, und der aus nur wenigen Zellen bestehende Embryoblast. Das Verhältnis der Anzahl Zellen von Embryoblast zu Trophoblast beträgt etwa 1:10. Aus dem Trophoblasten werden die Eihäute und die kindlichen Anteile der Plazenta entstehen.
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