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De la fin de la 2e semaine à la 4e semaine, l'amas de cellules à l'origine de l'embryon (embryoblaste) va subir une série de profondes modifications qui aboutissent à la formation d'un disque embryonnaire tridermique, avec une structure qui préfigure déjà les origines des principaux tissus et organes. Ces processus de prolifération et de migration cellulaire constituent les étapes de la gastrulation. A la fin de cette période, il y a déjà la différenciation de plusieurs systèmes. En particulier une grande partie du système nerveux central (tube neural) et du système nerveux périphérique (crête neurale) est déjà ébauchée. D'autre part, les ébauches des systèmes musculaire, squelettique axial et de la peau apparaissent au niveau des somites, constitués d'amas mésoblastiques métamérisés.
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