Mit der etwas aufwendigeren Fluoreszenz In Situ Hybridisierung (FISH) können einzelne kleine Abschnitte des Chromosoms sichtbar gemacht werden. Es stehen heute viele verschiedene Proben, man nennt sie auch Sonden, für die Untersuchung zur Verfügung. Solche Sonden werden verwendet, um einzelne Abschnitte (> 5 Mio Basen) auf der DNA zu suchen. Diese Technik wird für die Darstellung von strukturelle Aberrationen, die mittels Bänderungstechniken ungenügend dargestellt werden können, verwendet, ist aber zu grob, um einzelne Gendefekte zu analysieren.
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