Le développement du métanéphros (rein définitif) commence déjà avant la régression complète du pronéphros (rein primitif). Le rein définitif émerge d’une part du bourgeon urétéral à partir duquel se forment les uretères, le bassinet, les calices rénaux et le système des tubes collecteurs et d’autre part, après l’induction par le bourgeon urétéral (structure dense de la zone terminale du cordon néphrogène), les néphrons se développent eux à partir du blastème métanéphrogène non segmenté. On observera des phénomènes d'induction au sommet de chaque division du bourgeon urétéral. Chaque division va conduire à une différentiation du tissu métanéphrogène et il va se former des coiffes métanéphrogènes au sommet de chaque ramification. L’évolution de ces coiffes sera à l'origine des structures sécrétrices des néphrons.
La dernière phase du développement ne sera pas abordée ici, car à part le nombre de néphrons formés, il n'y a pas de différence entre les espèces animales.
Le bourgeon urétéral se forme par une excroissance au niveau de la face postérieure du canal de Wolff ou canal mésonéphrotique juste avant son abouchement dans le cloaque. Ce bourgeon va progresser cranio-dorsalement et va envahir dans le blastème métanéphrogène non segmenté. Cette tige d’abord pleine sera l'ébauche du futur uretère.
L’extrémité crâniale du bourgeon urétéral maintenant recouvert par une coiffe de tissu métanéphrogène se renfle en une ampoule. Cette zone dilatée ébauche le futur bassinet du rein (Pelvis renalis primitivus). Ce bassinet primitif émet très vite des diverticules qui plongent dans le blastème métanéphrogène formant ainsi des calices primitifs qui se ramifient par divisions dichotomiques. Cette arborisation est à l'origine du système collecteur du rein.
Le bassinet définitif résulte de l'union des extrémités distales dilatées des tubes collecteurs primaires. On observera des variations selon les espèces.
L'extrémité proximale de chaque tube collecteur nouvellement formée sera coiffée par du blastème métanéphrogène qui, en se développant par multiplication cellulaire, recouvrira aussi les parois latérales des tubes collecteurs. Cette petite arborescence ainsi que le tissu métanéphrogène adjacent forment les pyramides rénales primaires (Pyramis renalis).
La ramification croissante des tubes collecteurs et leur recouvrement par du blastème métanéphrogène sont responsables pour la formation de lobes rénaux (Renculi). Ceux-ci se démarquent à la surface du rein par des sillons. À l'exception du bétail (des baleines et des éléphants), ces sillons fusionnent après la naissance et disparaissent. Les reins adultes obtiennent ainsi une surface lisse.
En analogie avec la formation des sillons externes, on observera dans la zone des tubes collecteurs de la substance médullaire une subdivision interne conduisant à la formation des papilles rénales entourées de calices rénaux. Chez les bovins et chez les porcs on parlera de rein multipapillaire. Chez les chevaux, les carnivores et les petits ruminants, il n’y pas de lobation interne. Il en découlera des reins unipapillaires.
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