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Kurz nach der Differenzierung des Mesonephros-Kanal entstehen aus dem nephrogenen Strang, der ein Mesoderm-Kondensat darstellt, die Mesonephrosbläschen  11 durch mesenchymal-epitheliale Umwandlung. Sie nehmen über die Mesonephros-Tubuli mit dem Mesonephros-Kanal Verbindung auf 14. Diese Differenzierung erfolgt beidseits der Wibelsäule im Bereich zwischen der oberen Thorakalregion (Th1) und der lumbalen Region (L3). Auch hier ist ein kranio-kaudaler Gradient sichtbar. In dem Masse, in dem kaudal neue Mesonephrosbläschen und Tubuli zugefügt werden, beginnen die kranialen Elemente der Rückbildung anheimzufallen, sodass nie mehr als 30 Paare im Mesonephros bestehen. Sie bilden die exkretorische Einheit, die dem Nephron des Erwachsenen sehr ähnlich sind.
Das Mesonephros-Bläschen endet gegen medial blind, indem es einen Trichter (Bowmansche Kapsel) bildet. Jeder dieser Trichter umgibt einen Kapillarknäuel (Glomerulus), der auch im nephrogenen Gewebe entstanden ist und von lateralen (viszeralen) Ästen der dorsalen Aorta stammt und in die Vena cardinalis inferior drainiert wird.
Die Kapsel und der Glomerulus bilden zusammen ein Corpusculum; ein Corpusculum und sein dazugehöriger Tubulus nennt man ein Nephron. Diese funktionelle Einheit des Nephrons bezeichnet man als exkretorische Mesonephoseinheit.
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