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C'est le passage des cellules épiblastiques à travers la ligne primitive  6-7 qui initie leur différenciation en cellules embryonnaires des trois lignées. En fonction de leur origine sur la ligne primitive et du moment de leur invagination, les cellules épiblastiques auront une destinée différente (1).
Il semblerait que le mésoblaste extraembryonnaire provienne de la partie la plus postérieure de la ligne primitive, alors que le mésoblaste intraembryonnaire serait issu des régions moyenne et crâniale. Les cellules s'invaginant depuis le noeud primitif sont à l'origine du mésoblaste para-axial, de la notochorde, de la plaque préchordale, de l'entoblaste et de la partie médiane des somites (expérimentation animale par technique de marquage cellulaire ). La ligne primitive préside activement à la formation du mésoblaste intraembryonnaire jusqu'au début de la 4e semaine.
Vers le 19e jour 9 elle s'étend sur la moitié de la longueur de l'embryon, mais avec la progression de la gastrulation elle régresse en direction caudale et ne représentera à la 4e semaine plus qu'environ 15% de la longueur de l'embryon. Durant la 4e semaine, la ligne primitive est réduite à une région, qui s'appelle l'éminence caudale et donne naissance à l'élongation caudale de la moelle épinière. L'éminence caudale sera en plus à l'origine de l'intestin postérieur et de la notochorde et les somites avoisinés.
Au 29e jour 11 elle disparaît. Les reliquats de la ligne primitive sont responsables de la formation de tératomes sacro-coccygiens.
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