La partie caudale du toit ne participe pas à la formation des plexus choroïdes mais donne naissance à l'épiphyse (glande pinéale), apparaissant initialement sous la forme d'un épaississement épithélial et s'évaginant à partir de la 7e semaine sous la forme d'un organe plein de structure à la fois neurale et glandulaire. En effet, l'épiphyse est une glande neuro-endocrine, composée de pinéalocytes, qui sécrètent la mélatonine et la sérotonine, ainsi que de cellules gliales. La mélatonine inhibe la sécrétion d'hormones gonadotrophiques ou de leurs facteurs de contrôle durant l'enfance jusqu'à la puberté et joue un rôle dans le déclenchement de la puberté. Cette même hormone joue un rôle dans le contrôle du rythme circadien.
Chez l'adulte, l'épiphyse va involuer et accumule des concrétions calcaires qui pourront servir de repère aux neuroradiologues.
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