Alors que la polarité antéropostérieure est déterminée au stade de plaque neurale, la polarité dorso-ventrale est établie plus tardivement. Celle-ci est régie par la notochorde qui induit le plancher du tube neural (plus globalement le territoire ventral forme les plaques basales motrices). Cette région spécialisée du tube neural est constituée par des cellules aux propriétés spécifiques. Elles produisent notamment des substances chimiotactiques dirigeant la croissance des axones commissuraux vers la le côté controlatéral. En outre, le complexe notochorde-plancher serait responsable de l'induction de la différenciation précoce 13 des neurones moteurs. En effet, c'est le Shh (sonic hedgehog), une glycoprotéine sécrétée par la notochorde, puis par la plaque neurale qui va induire à ce niveau la répression des gènes dorsalisants tels que PAX 3 et PAX 7 et permettre la différenciation des neurones moteurs.
Quant au territoire dorsal, il constitue les futures lames alaires sensitives, dont la dorsalisation est faite par l'activation d'une cascade de facteurs de croissance de la famille des TGF-b (dorsaline, activine, BMP4), ainsi que Wnts. Ces facteurs sont responsables de l'expression de gènes dorsalisants notamment PAX 3 et HOX 7 (msx1). L'expansion ventrale de cellules de type sensitif après ablation de la notochorde indique que la différenciation de ces cellules est soumise à une influence inhibitrice en provenance des facteurs notochordaux. (3, 4, 5, 7)
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