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Immer noch stellen sich die in vitro Fertilisation und die in vitro Embryoproduktion bei allen Haus- und Nutztieren als sehr kostenintensiv dar. In keiner Spezies kann sie zum jetzigen Zeitpunkt als Routineanwendung betrachtet werden. Einzig beim Rind wäre ein praktischer Einsatz in der Tierzucht in absehbarer Zukunft denkbar.
Der Verzicht auf eine Hormonbehandlung bei der IVF ist sicherlich ein Vorteil gegenüber dem ET, ausserdem eignet sich die IVF bestens zur Verwendung von gesexten Spermien.
Neben den hohen Infrastruktur-Kosten (stationäre Haltung des Spendertieres, Laborgeräte, Fachkräfte) und den sinkenden Erträgen für die Tierhaltenden relativieren vor allem die niedrigen Trächtigkeitsraten und die Unterschiede zu in vivo erzeugten Embryonen (gestörte Reifung, Large offspring syndrome; siehe unten) den potentiellen Nutzen. In Südamerika, in den USA und vereinzelt auch in Europa gibt es aber professionelle Teams, die von der Anwendung der IVF leben können. Im Jahr 2008 wurden beim Rind in Europa 3800 Ovum Pick-Up-Sessions durchgeführt (siehe Kapitel 4.16) und daraus 6750 Embryonen produziert. Dies ergibt einen Schnitt von 1.8 Embryonen pro OPU-Session.
In der Forschung hat sich die IVF schon lange ein Standbein gesichert. Durch diese Biotechnologie können erweiterte Kenntnisse über die Reproduktion gewonnen und für andere Zwecke genutzt werden.
Ein bedeutendes Problem, das bei der Anwendung von IVF und anderen in vitro-Biotechnologien auftritt, ist das Large offspring syndrome. Es bezeichnet eine Fehlentwicklung der produzierten Embryonen, ihrer Plazenta oder von beiden. Vor allem beim Rind und beim Schaf wurde dieses Phänomen untersucht, liess sich bis jetzt jedoch nicht eindeutig ursächlichen Faktoren zuordnen. In den letzten Jahren konnte dieses Problem mit speziellen Kulturmedien, sogenannten SOF (serumfree oviductal fluid), reduziert, aber nicht ganz verhindert werden.
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