Von der Chromosomen-Präparation werden Aliquots auf einen Objektträger aufgetropft. Unter dem Mikroskop sind dann viele Interphasen-Kerne und sogenannte Metaphasen sichtbar (Abbildung 2). Eine Metaphase ist der Bereich, in dem die kondensierten Chromosomen eines einzelnen Zellkerns liegen. Die Identifizierung der einzelnen Chromosomen erfolgt durch unterschiedliche Bänderungsmuster. Es gibt Haustierarten, deren Chromosomen relativ einfach zu unterscheiden sind, wie die des Hausschweins, und andere, deren Chromosomen mit Bänderungstechniken allein nicht identifiziert werden können (z.B. Haushund). In solchen Fällen müssen molekulare zytogenetische Methoden miteinbezogen werden wie Fluoreszenz in situ Hybridisierungen (FISH). Für die meisten Haustierarten stehen international standardisierte und anerkannte Beschreibungen der Chromosomen zur Verfügung.
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