Les cellules T qui reconnaissent au cours de leur développement dans le thymus le complexe peptide associé à une molécule du CMH, sans le lier fortement sont sélectionnés positivement. Les cellules ne remplissant pas ces critères de sélection, soit parce qu'elles lient trop fortement les molécules du CMH ou parce qu'elles ne les reconnaissant pas, sont éliminées par apoptose au cours de leur développement. En dépit des cette sélection positive, il subsiste toutefois un problème majeur. Si des peptides du soi des lymphocytes T en voie développement dans le thymus s'associent aux molécules du CMH se reconnaissent et atteignent le système lymphatique périphérique, ils peuvent provoquer dans l'organisme des dégâts considérables. En effet, des produits du métabolisme sont sans cesse transportés par les molécules du CMH à la surface cellulaire. Afin d'éviter un telle catastrophe, un deuxième processus de sélection négative doit avoir lieu dans le thymus.
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