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La segmentation désigne la division du zygote après sa fécondation. Le contenu et la distribution du vitellus sont déterminants pour le type de segmentation. La segmentation de l'oeuf de l'oiseau est une segmentation discoïdale partielle qui n'intéresse que le disque germinatif.
La segmentation commence déjà avant la formation de la Lamina continua et se termine approximativement avec la ponte.
Le noyau cellulaire de l'ovule de l'oiseau se trouve sous la membrane plasmique et se caractérise par une petite tache blanche sur le vitellus.
Le disque germinatif se développe superficiellement au pôle animal du vitellus (segmentation discoïdale). Les premiers sillons rayonnent selon un axe méridien à partir du pôle animal et ne séparent les noyaux cellulaires que par des sillons qui s’enfoncent à la surface du jaune (sillons partiels). Bien que les sillons méridiens rayonnent vers le pôle végétatif, ils ne l'atteignent pas. Le premier plan de segmentation est vertical/méridien selon l’axe pôle animal/pôle végétatif. Le second plan de segmentation est également méridien/vertical et perpendiculaire au premier. À chaque clivage subséquent (à partir du troisième) les plans de segmentation seront horizontaux et parallèles à l'équateur et conduisent au dessin en treillis. Au moment où la morula atteint 16 cellules, les segmentations équatoriales des huit cellules internes conduiront au développement de l'embryon tandis que les segmentations des huit cellules périphériques conduiront à la formation du trophoblaste. Les blastomères s'isolent des sillons par la formation de membranes dont résultent des cellules individuelles, chacune ayant un noyau.
Les segmentations radiales, parallèles à la surface, auront comme conséquence la formation de plusieurs couches de cellules. A la fin de la segmentation, la morula aura une forme de disque présentant une stratification faible et un dessin de surface en forme de treillis. Elle s'appellera, en raison de sa forme, disque germinatif et reposera sur le jaune non segmenté.
Sous le disque germinatif, la liquéfaction du jaune d'oeuf produit la cavité sous-germinale dissociant ainsi le disque germinatif du jaune. La liquéfaction du jaune est causée par l'absorption d'eau à partir de l'albumen. Les structures extra-embryonnaires et par la suite les enveloppes embryonnaires se développeront à partir des blastomères périphériques.
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