5 Tage nach der Befruchtung erreichen die Embryonen den Uterus. Zwischen dem 6. und 8. Tag nach der Besamung wird durch eine Ovarpalpation oder durch eine Ovarsonographie entschieden, ob eine Gebärmutterspülung stattfinden soll. Entscheidend sind die Anzahl palpatorisch oder mittels Ultraschall erkennbarer Gelbkörper auf den Ovarien. Die Ausbeute an Embryonen entspricht in etwa 60 70% der Gelbkörper. Die Embryonen, die sich nun in den Spitzen der Uterushörner befinden, werden nach der Ovarpalpation meist durch eine Gebärmutterspülung entnommen. Obwohl dieser Vorgang für das Spendertier nicht schmerzhaft ist, wird eine kleine Epiduralanästhesie gesetzt, damit die Kuh die Manipulationen nicht spürt und der Kotabsatz verhindert wird. Das Stehvermögen der Kuh bleibt erhalten.
Ein flexibler Katheter wird in das Uterushorn eingeführt, der Ausgang zum Corpus uteri mittels eines aufblasbaren Ballons abgedichtet. Durch Einbringen und Absaugen von Spülflüssigkeit werden die Embryonen gewonnen. Die Spülflüssigkeit besteht aus Phosphat-gepufferter Kochsalzlösung und enthält Antibiotika, Glucose und Pyruvat.
Grundsätzlich besteht auch die Möglichkeit der Entnahme der Embryonen mittels einer Laparatomie (Chirurgisches Eröffnen der Bauchhöhle). Diese Methode wird aber in der Schweiz nicht mehr angewandt und ist aus tierschützerischen und ethischen Aspekten zu hinterfragen.
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