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Juste après la différenciation du canal mésonéphrotique, le cordon néphrogène va donner naissance aux tubules mésonéphrotiques 11 . Il s'agit de renflements du mésoblaste intermédiaire de chaque côté de la colonne vertébrale s'étageant entre la région thoracique supérieure (TH1) jusqu'au niveau lombaire (L3), se développant selon une séquence crânio-caudale. Il faut noter que lorsque les tubules de la région caudale se différencient ceux de la région rostrale sont en voie de régression, de sorte qu'il n'excédent jamais les 30 paires dans le mésonéphros.
Ces condensations mésoblastiques vont se transformer en cellules épithéliales polarisées qui constituent les vésicules, puis les tubules mésonéphrotiques11, formant des unités excrétrices proches du néphron de l'adulte et vont progressivement s'ouvrir dans le canal mésonéphrotique14. L'extrémité médiane et aveugle du tubule se déprime en une cupule (capsule de Bowman), qui entoure une collection de capillaires (le glomérule), produits par les branches artérielles de l'aorte dorsale et qui seront drainés dans les veines cardinales postérieures.
Cette unité fonctionnelle est appelée unité excrétrice mésonéphrotique.
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