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En dépit des mécanismes de croissance axonale extrêmement compliqués, le nombre de synapses formées pendant le développement est très largement supérieur au nombre de synapses du système nerveux mature. Une fraction considérable des connexions initialement établies sera condamnée peu après leur formation suivant un processus de sélection et d'élimination. Ce processus va s'étendre sur une longue période de développement commençant avant la naissance et s'étendant jusqu'à l'âge adulte.
Ce remodelage des connexions synaptiques dépend de la capacité synaptique des neurones. En effet, chaque neurone reçoit un nombre déterminé de synapses sur son axone, ses dendrites et son corps cellulaire. La capacité synaptique est maximale dans les phases initiales du développement et décline avec la maturation neuronale. Pour exemple les travaux de Rakic et Bourgeois (26) sur le cortex strié du macaque qui montrent que pendant l'adolescence la capacité synaptique y diminue fortement (> 50%) en moins de deux ans !
L'étude de la jonction neuromusculaire offre un modèle utile pour illustrer l'épissage synaptique. Initialement chaque fibre musculaire est innervée par des axones de nombreux neurones, à maturité toutefois chaque fibre musculaire ne reçoit des axones moteurs que d'un seul neurone.
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