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Aus embryologischer Sicht entsteht die Hypospadia penis und scroti aus einer Störung des Verschlusses der Urethragrube (Pars spongiosa der Urethra) durch die Urethrafalten bzw. die Genitalwülste, ausgehend von der Urethraplatte, die endodermalen Ursprungs ist. Die Urethragrube schliesst sich im hinteren Teil durch Fusion der Genitalwülste und nach vorne vorschreitend durch den Verschluss der Urethrawülste bis zur Glans. Die Pars glandis der Urethra ist ektodermalen Ursprungs. Somit ist die Hypospadia glandis auf eine Störung des Verschlusses der Epithellamelle an der Spitze des Penis zurückzuführen und kann bis zur Fossa navicularis reichen.
Die Ursache für diese Störung ist multifaktoriell, neben genetische Faktoren spielt auch die schädigende Wirkung einer Hormontherapie mit Progesteronen während den ersten Monaten der Schwangerschaft eine Rolle, auch kann eine veränderte Synthese von Testosteron (oder seiner Derivate) und/oder eine Anomalie der Rezeptoren für diese Hormone Schuld daran sein.
Unter den häufigsten Missbildungen, die mit einer Hypospadie assoziiert sind, findet sich eine Deviation des Penis, eine Stenose des Meatus urinarius und eine Deviation der Raphe mediana. Schliesslich ist auch eine Hypoplasie des Corpus cavernosum, die zu einem Mikropenis führt, nicht selten.
Die hormonelle Therapie (im Fall eines Mikropenis) für die Stimulation des Wachstums wird oft mit einer chirurgischen Rekonstruktion der Urethra kombiniert.
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